De los inuit anteriores a Dorset a los modernos
Los primeros pueblos que pisaron lo que hoy es Churchill y sus alrededores lo hicieron hace miles de años. Se cree que la zona de Churchill fue un coto de caza estacional durante cientos de años. En la zona se han encontrado artefactos como anillas para tiendas de campaña y soportes para kayaks de los pueblos pre-Dorset, Dorset o Inuit.
La cultura anterior a Dorset (1700 a.C.) llevaba un estilo de vida seminómada en la zona de Churchill, cazando caribúes en verano y focas anilladas en invierno. Les siguieron hacia el 600 a.C. los Dorset, miembros de la "Tradición Ártica de las Pequeñas Herramientas". La cultura Thule, que desplazó a los Dorset hacia el año 1000 d.C., son los antepasados de los actuales inuit. Mucho antes de la llegada de los europeos, los cree, dene e inuit tenían redes comerciales bien establecidas.
Comercio y exploración de pieles
Henry Hudson fue el primer europeo que exploró la bahía a principios del siglo XVII. El explorador danés Jens Munck llegó una década más tarde en busca de un paso septentrional hacia Oriente. Su expedición desembarcó cerca de la desembocadura del río Churchill y bautizó la zona como "Nueva Tierra Danesa". Casi toda su tripulación murió a consecuencia de las enfermedades y la exposición. Munck y los dos tripulantes supervivientes pudieron volver a casa en 1620.
Fundada en 1670, la Hudson's Bay Co. es la empresa comercial más antigua del mundo. Originalmente llamada The Governor and Company of Adventurers of England (El Gobernador y la Compañía de Aventureros de Inglaterra que comerciaban en la Bahía de Hudson), su sede estaba en York Factory, a unos 250 kilómetros al sureste de lo que hoy es la ciudad de Churchill. Desde allí, la Compañía controló gran parte del comercio de pieles durante décadas.
En 1717 se estableció el fuerte Churchill en la desembocadura del río Churchill, al que siguió el fuerte Prince of Wales en 1731. El fuerte tardó cuarenta años en construirse y en 1782 fue alcanzado por tres navíos de guerra franceses, sin que se disparara un solo tiro. La Hudson Bay Co. recuperó el control del Fuerte Príncipe de Gales al año siguiente, pero para entonces estaba en mal estado y el comercio de pieles ya estaba en declive.
Churchill albergó las primeras observaciones astronómicas de Canadá, realizadas en 1769, y fue también el punto de partida del viaje por tierra de Samuel Hearne al océano Ártico.
Tiempos modernos
Churchill se ha convertido en el único puerto marítimo ártico de Canadá, y el comercio marítimo llegó a la ciudad a principios del siglo XX. La mayor parte del comercio se centraba en el grano, y una vez terminado el ferrocarril de la bahía de Hudson en 1929, el primer envío de grano tuvo lugar en 1931. A finales de la década de 1990, el Gobierno de Canadá vendió el puerto a la empresa estadounidense Omni TRAX. El puerto sigue funcionando hoy en día, con envíos que van y vienen desde mediados de julio hasta principios de noviembre. También pasan por el puerto combustible, materiales de construcción y otras mercancías para comunidades situadas más al norte que Churchill.
El Fuerte Churchill se construyó en 1942 y estaba situado a unos diez kilómetros al este de Churchill, cerca del Fuerte Churchill original; fue establecido por las Fuerzas Aéreas de Estados Unidos como parte de la Ruta Carmesí, una ruta de ultramar propuesta para apoyar a las fuerzas aliadas en Europa. Se convirtió en un centro de entrenamiento y experimentación tras la Segunda Guerra Mundial, y posteriormente se cerró en 1980.
En 1957 se creó el Campo de Investigación de Cohetes de Churchill; se lanzaron más de 3.000 cohetes de sondeo junto con experimentos relacionados con las auroras boreales y la ionosfera. La base fue desmantelada a mediados de los sesenta y hoy alberga el Churchill Northern Studies Centre.
